2016年，俗称“土十条”的《土壤污染防治行动计划》实施；2019年1月，《土壤污染防治法》正式实施。
根据“土十条”规定，到2020年，我国受污染耕地安全利用率达到90%左右，污染地块安全利用率达到90%以上。
2020年，沈仁芳便随全国人大常委会执法检查组就农用地和建设用地污染防治、土壤取样监测、土地综合利用等情况进行实地检查。
“从检查情况看，达标并不困难，但修复土壤路还很长，有的地区缺乏成熟的修复技术，有的修复方案不合理，有的技术实施成本高，而农田的收益毕竟有限，农民缺乏使用技术的动力。现阶段，还要靠政府来投入。”沈仁芳说，土壤污染治理不同于大气污染和空气污染。土壤污染更隐蔽，得通过样品分析、农作物检测，甚至人畜健康的影响研究才能确定，而且污染物更容易积累，要彻底去除很难。这给土壤污染治理带来了长周期、高成本、难修复等问题。检查结束后的交流中，他也曾建议要因地制宜制定修复方案，土地在“赋闲”时多种植一些能强力吸收重金属的植物。
2020年10月17日，全国人大常委会举行联组会议，审议土壤污染防治法执法检查报告并开展专题询问。全国人大常委会委员长栗战书在会上表示，要大力支持科研机构和有关企业加强基础研究、技术攻关和成果转化应用，认真总结推广实践中行之有效的治污好经验好办法。
这激励沈仁芳不断寻找技术方案，利用清洁技术、基因技术，从源头为土壤“治病”。近年来，他带领团队收集、研究了380多个水稻品种，发现有的品种对镉有天然“免疫力”，吸收量比较低，奥妙就隐藏在一些特殊的基因中。2020年，沈仁芳联合日本的科研团队，初步定位出几个低镉水稻品种中的关键基因。
2019年全国两会，他曾建议加快实施区域土壤酸化的分类阻控综合治理方案，采用农田土壤高效净土成套技术，建立耕地休耕修复技术体系；2020年两会，他又提出加快实施土壤健康管理重大基础研究，确立土壤健康标准，加快构建数字化土壤健康管理行业监管体系，加快培育土壤健康管理产业。
今年两会，沈仁芳想为南方红壤资源的保护和可持续利用“鼓与呼”，“南方粮食产量大，但长期施肥导致部分红壤酸化严重，这会影响粮食产量，希望能完善技术，保持南方红壤生产力。”
